MKV это стандартный формат для конверта из блюреев или ндшных дисков(в любом случае высококачественный контент)
Для компиляции (читать создания) дисков DVD с субтитрами подходит практически любая прога полу и проф качества,такие например как Сони сценарист(начиная от 3.0 версии),или Адобе энкор(начиная от 1.5 версии).
Просто на спец дорожку засовываешь нужный тебе трек с субтитрами и он остается в памяти.
Правда для того что-бы его схавали эти проги нужно переконвертить исходный mkv в m2v.С этим справятся
эти проги
Ну а если вопрос в том,что-бы просто воспроизводить на компе mkv контейнер,то можно не париться с переконвертом,а пользоваться обычными плеерами,которые прекрасно работают.Как пример Core Media Player.
Для воспроизведения в системе стандартными средствами вам необходимо поставить MKV - CCCP (Combined Community Codeck Pack),обычный для этого вида контейнеров набор кодэков.